PyMOL、Flatpakを使用してUbuntuにPython MolecularGraphicsをインストールします

Damián A.

4分

PyMOLについて

次の記事では、PyMolを見ていきます。 Python分子グラフィックスは 分子を操作して視覚化できるようにするプログラム、FlatpakパッケージのおかげでUbuntuにインストールできます。 これは、構造生物学で使用できる数少ないオープンソースの視覚化ツールのXNUMXつです。

このプログラムの名前のPyの部分は、Pythonプログラミング言語のおかげで拡張可能であるという事実を表しています。 ウィッチによると、 Pythonで利用可能なライブラリを使用して、分子構造の複雑な分析を実行するように拡張できます。 彼らはあるとして NumPy またはpylab。

PyMOLは、Warren Lyford Delanoによって作成され、科学および教育コミュニティ向けの普遍的にアクセス可能なツールの作成を専門とする会社であるDelano ScientificLLCによって販売されているオープンソースの分子ビューアです。 このプログラムは、小分子や生体高分子の高品質な3D画像の作成にも適しています。 PyMOLには、さまざまな形式やソースから分子をロード、操作、および視覚化する機能があります。。 プログラムは、メニューベースのGUIを介して、または多数の キーボードショートカット および/またはスクリプト。 Aが利用可能です レイトレーシング 生成されたビューの高品質の画像を生成するために統合されています。

pymolの例

これは商品ですが、 そのソースコードのほとんどは、次のリポジトリから入手できます。 GitHub パーミッシブライセンスの下で無料。 このプロジェクトはシュレーディンガーによって維持され、最終的にはPyMOLライセンスを取得するすべての人によって資金提供されます。

PyMOLの一般的な特徴

PyMOLAdanaced設定

  • プログラム 高品質のグラフィックを提供します。 内蔵のレイトレーサーは、あらゆるシーンに影と奥行きをもたらします。 外部にレンダリングすることもできます。
  • ビデオを作成する 複数をロードするのと同じくらい簡単にすることができます PDBファイル 再生を押します。
  • 画像をコピーして、PowerPointとKeynoteに直接貼り付けることができます。 静止画像とレンダリングされたシーケンスは、PNG形式とQuickTimeビデオとして生成できます。
  • ラス 任意の論理式 表示と編集が簡単になります。
  • アカウントを持つ 表面の解釈 良好で、メッシュサーフェスもサポートされています。
  • たくさん PyMOLの漫画 作成とレンダリングは簡単です。
  • プログラムは私たちを可能にします コマンドラインおよびGUIから制御します.

PyMOLが機能しています

  • 構造物はその場で切断、変異、再組み立てが可能 標準ファイルに書き込みます（PDB、MOL / SDF).
  • このアプリケーションはにインストールすることができます タンパク質のグラフィック画像と実験的構造データを表示、分析、準備する (例：結晶学、NMRベースおよび電子顕微鏡).
  • PyMOLを制御する最良の方法のXNUMXつは、再利用可能なスクリプトを使用することです。、コマンド言語またはPythonで記述できます。
  • クロスプラットフォームコード。 オープンソースの外部依存関係の小さなセットに加えて、OpenGLとPythonを使用して、Unix、Macintosh、およびWindowsと互換性のある単一のコードベースを備えています。
  • ユーザーインターフェースの開発 新規ユーザーの使いやすさではなく、主に機能に重点を置いています.
  • パートナー 単一のモノリシックコマンド指向プログラミングインターフェイス.

これらは、このプログラムの機能のほんの一部です。 彼らはできます それらすべてを詳細に参照してください ウィキ プロジェクトの.

Flatpak経由でUbuntuにPyMOLをインストールする

このプログラムはで利用可能で見つけることができます フラット。 のために Flatpakを介してUbuntuにPythonMolecularGraphicsをインストールします、私たちの機器でこの技術を有効にする必要があります。 Ubuntu 20.04を使用していて、それがない場合は、続行できます ガイド 同僚がこのブログにそれについて書いています。

このタイプのパッケージをコンピューターにインストールできる場合は、ターミナルを開いて（Ctrl + Alt + T）、次のコマンドを使用するだけで済みます。 Flatpakからプログラムをインストールします:

flatpakでインストールします 

flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakref

必要な場合 プログラムを更新する、新しいバージョンが利用可能な場合、ターミナルでは次のコマンドを実行するだけで済みます。

flatpak --user update org.pymol.PyMOL

インストール後、 プログラムを開始する [アプリケーション]メニューまたは利用可能なその他のアプリケーションランチャーから。 ターミナル（Ctrl + Alt + T）で次のコマンドを実行することもできます。

pymolランチャー 

flatpak run org.pymol.PyMOL

アンインストール

必要に応じて コンピューターからPythonMolecularGraphicsをアンインストールします、ターミナルを開いて（Ctrl + Alt + T）実行するだけです。

PyMOLをアンインストールします 

flatpak uninstall org.pymol.PyMOL

PyMOLは、有能な分子ビューアーおよびレンダラーです。 出版品質の図を作成したり、インタラクティブな結果を共有したり、事前にレンダリングされたアニメーションを生成したりするために使用できます。 今日、周りの多くの科学者はこれらのタスクに定期的にPyMOLを使用しています。 このプログラムまたはその仕組みについて詳しく知りたいユーザーは、次のことができます。 に行く ウェブサイト またはへ ウィキ プロジェクトの.